Das CEEJA verfügt über eine der größten Bibliotheken zu Japan in Europa mit 135.000 Werken und verschiedenen Kunstsammlungen, die der allgemeinen und der Fachöffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Jedes Jahr werden neue Spenden registriert. 2020 schenkte Christiane Séguy, Honorarprofessorin an der Universität Straßburg, ihre Bücher über die Meiji-Zeit. Die Bibliothek erhielt auch eine große Sammlung von mehreren hundert Bänden aus dem Nachlass von Professor Hayami Akira (Wirtschafts- und Sozialhistoriker an der Keio-Universität). Zu den Beständen gehört auch eine umfangreiche Periodika-Bibliothek mit 160 laufenden Zeitschriften, überwiegend in japanischer Sprache, die den Zugang zu neuesten Forschungsergebnissen ermöglichen. Der Schwerpunkt liegt auf der japanischen Wirtschaft, dem Recht und der Gesellschaft (einschließlich des „Arbeitssektors“). Finanziell unterstützt in den letzten Jahren vom Ôsaka Universal Exhibition Commemoration Fund, Sony Europe, der Toshiba International Foundation und den Eheleuten Erich und Regine Pauer, trägt diese großartige europäische Bibliothek über Japan dazu bei, den Ruf von CEEJA als japanisches Exzellenzzentrum im Elsass zu stärken eine hochwertige Dokumentationssammlung, die weltweit konsultiert werden kann.



Im März 2020, dann im September-Oktober, wurde ein Teil der Sammlung in Form einer Ausstellung in der Evangelischen Mediathek in Straßburg, dann in der Mediathek Malraux in Straßburg präsentiert. Der Umzug von CEEJA im Jahr 2021 ermöglicht es, über die zukünftige Lösung des großen Bibliotheksprojekts nachzudenken, das 2022 umgesetzt wird, wodurch es möglich wird, alle CEEJA-Sammlungen an einem Ort zusammenzuführen.