Le CEEJA dispose d’une des plus grandes bibliothèques sur le Japon d’Europe, composée de 135 000 ouvrages et de diverses collections d’art mis à disposition du grand public et du public spécialisé. Tous les ans, de nouveaux dons sont enregistrés. En 2020, Christiane Séguy, professeur honoraire de l’Université de Strasbourg a fait dons de ses livres sur l’époque Meiji. La bibliothèque a aussi reçu une vaste collection de plusieurs centaines de volumes provenant de la succession du professeur Hayami Akira (historien économique et social à l'université de Keiô). Les fonds comprennent également une vaste bibliothèque de périodiques comprenant 160 périodiques actuels, principalement en langue japonaise, qui donnent accès aux derniers résultats de la recherche. L'accent est mis sur l'économie, le droit et la société japonaise (y compris le secteur "travail"). Soutenu financièrement ces dernières années par le fonds de commémoration de l’exposition universelle d’Ôsaka, Sony Europe, Toshiba International Foundation ainsi que par les époux Erich et Regine Pauer, cette grande bibliothèque européenne sur le Japon permet de renforcer la réputation du CEEJA comme pôle d’excellence Japon en Alsace, proposant un fonds documentaire de haute qualité, consultable depuis le monde entier.



En mars 2020, puis en septembre – octobre, une partie de la collection a été présentée sous forme d’exposition à la Médiathèque Protestante de Strasbourg, puis à la Médiathèque Malraux à Strasbourg. En 2021, le déménagement du CEEJA permet de réfléchir à la solution future du projet de grande bibliothèque qui sera acté en 2022 permettant de rassembler l’ensemble des collections du CEEJA sur un même site.